除此之外，日本本土还有海上自卫队的三处主要基地，即位于濑户内海深处、广岛附近的吴港;位于本州岛日本海一侧中部的舞鹤港;以及位于本州岛东北端的大凑港。这三处港口也可供美军使用。同时，海上自卫队也与美军合用横须贺和佐世保基地。
但是，随着东亚地区力量对比的变化，特别是中国军队远程打击能力的不断增强，以及所谓朝鲜“弹道导弹威胁”的加剧，美国需要在日本建立冗余度更强、动员潜力更大的基地体系。这一方面可以防止在战时因一两处基地受损而造成某一战役方向的舰艇失去保障;另一方面可以在大规模战争时为在东北亚大陆的活动(例如针对朝鲜半岛的陆地战)提供后勤补给和运输基地。
例如，日本与朝鲜隔日本海相望，日本一直担心朝鲜通过日本海使用弹道导弹等方式攻击日本;但是，日本在本州岛的日本海一侧仅有舞鹤一处海军基地。佐世保基地的舰艇要进入日本海，需通过对马海峡;而大凑基地的舰艇要进入日本海则需通过津轻海峡。这两处海峡极易遭到水雷或潜艇的封锁。很明显，在这一重要方向上，美军和自卫队均缺乏后备基地。此次曝光的六处港口中，有秋田和新潟两处是日本海沿岸港口。秋田、新潟和舞鹤三个港口连在一起，就可形成战时在日本海沿岸的基地体系，有利于美军和自卫队在日本海及朝鲜半岛东岸的活动。
