在“打黑”的同时，王立军大刀阔斧进行内部改革，2010年3月初，重庆警方从副科到正处级干部，几乎全被就地免职，3528个岗位重新竞聘，这种“大换血”的改革方式，一时惊动全国。
“李庄案”与“双起论”
重庆“打黑”期间，“李庄案”与“双起论”更是把王立军置于舆论的风头浪尖上。
2009 年12月12日，北京康达律师事务所律师李庄被重庆警方逮捕，原因是李庄为重庆“黑老大”龚刚模做辩护代理，李庄称其发现重庆警方对他的当事人有严重刑讯逼供的痕迹。重庆警方以涉嫌伪造证据、妨害作证罪，起诉李庄。2010年2月9日，李庄被判处有期徒刑一年零六个月。
李庄案引起轩然大波，重庆“打黑除恶”被外界议论为“黑打”。此时王立军任重庆市公安局局长，对抓捕李庄一事知情。围绕李庄案发生的一系列事件使渝警方在“打黑除恶”中建立的良好形象开始“消退”。
“双起论”则出自2010年10月重庆市公安局一次警察维权会议上，王立军发表讲话说：“今后，凡是报纸歪曲事实真相攻击我市公安机关和民警的，就以单位起诉当事报社和撰稿人;如果他提及民警个人，且造成后果的，民警拿着证据到法院起诉记者，相关部门和民警所在单位要支持和协助。这就叫‘双起’，公安机关起诉报社，民警起诉记者。”
一时舆论哗然。面对争议，2011年全国两会期间，以全国人大代表身份与会的王立军面对媒体，再议“双起论”，他说：“这是一种理性维权，改变过去警察用公权力或自身行政权力来解决这些问题，实际上是警察把自己和媒体以及需要维权对象放在一个平台上。这应该是法治的进步。”
在这次引人注目的“脱警”事件中，重庆官方曾给予离开警界的王立军以高度评价，称其“政治立场坚定，宗旨意识和大局观念强，事业心和责任感强，坚持原则，敢于碰硬，处事公道，执法公正，要求自己严格，群众口碑好。”“唯一的不足”，是“工作中有时要求急一些，批评人不太注意方式方法”。
而无论如何，与铁岭时期的形象相比，王立军在任职重庆后明显要低调得多，他极少正面接受采访。2009年10月下旬，在“打黑”最为紧张的阶段，本报记者曾致电王立军，王立军很客气地拒绝了采访要求，表示他在那时还没有接受过任何一家媒体的采访，他告诉本报记者：“只要认真做事就行了。”
2月9日下午6时30分，本报记者再次拨打王立军的手机，已是无法拨通。
