任职神马集团期间，吕清海主导了下属上市公司神马股份的股权分置改革，并先后投资数百亿元，上马了让人眼花缭乱的新项目。
但一位来自神马集团的职工告诉记者，这些项目中，多个项目效益并不佳。2009年3月，吕清海被调任前夕，神马股份的负债总额已经达到42亿元，其中流动负债高达32亿元。
7月9日，漯河市召开漯河市五届人大七次会议第二次全体会议，吕清海当选成为漯河市人民政府市长。就职当天，吕清海承诺，将在任期内通过廉洁行政、清白做人，打造廉洁、勤政、务实、高效的服务型政府。
8月25日，吕清海即被河南省纪委双规，从全票当选市长到被双规，历时仅49天，漯河官场为之震动。
有关部门：违纪事实是在查其他经济案件时被发现的
据河南省委相关部门负责人介绍，8月下旬，原漯河市市长吕清海确因涉嫌违纪被纪检部门“双规”。
吕清海调任漯河市市长前，已经是省直厅局正厅级领导干部。漯河市长出缺后，考虑漯河市作为新兴工业城市的市情和吕曾在工业企业工作的经历，经过履行相关程序，吕清海平职交流任漯河市市长。
据其透露，吕涉嫌违纪的事实是在查处其他经济案件时被发现的。一发现问题，相关部门立即迅速启动了惩治程序，“这凸显了河南省委惩治腐败的决心——不论何时何地，不论何人何职，一旦发现腐败问题，即予以严肃坚决地惩治”。
