世界末日
科学家们首先利用玛雅历法来揭穿所谓的“世界末日”预言。玛雅历法并没有结束于2012年，因此玛雅人自己也没有把这一年当作是世界的末日。不过，2012年12月21日(冬至)肯定是玛雅人的一个重要日子。美国科尔盖特大学考古天文学家安东尼-阿维尼是一名玛雅文化研究专家。阿维尼表示，“在玛雅历法中，1872000天算是一个轮回，即5125.37年。”玛雅人对于时间的计算比其他许多文化都要精细。
阿维尼介绍说，玛雅人曾经发明了所谓的“长历法”，这种历法把最初的计算时间一直追溯到玛雅文化的起源时间，即公元前3114年8月11日。根据“长历法”，到2012年冬至时，就意味着当前时代的时间结束，即完成了5125.37年的一个轮回。长历法于是重新开始从“零天”计算，又开始一个新的轮回。阿维尼认为，“这仅仅是一个重新计时的思想，与我们每年元旦或周一早上重新开始一年或一周生活完全一样。”在阿维尼看来，玛雅预言中关于2012年12月21日是世界末日的说法是一种被误解的说法。那一天是玛雅历法中重新计时的“零天”，表示一个轮回结束，一个新的时代的开始，而并非指世界末日。
两极倒转
科学家对于这些所谓的预言进行了批驳。美国普林斯顿大学地质学家亚当姆-马尔卢夫对“两极互转”和玛雅预言都有深入的研究。马尔卢夫认为，岩石中的某些磁性迹象表明，地球可能发生过这样剧烈的磁场变化，但是这一过程是一个持续数百万年的缓慢过程，如此缓慢以至于人类根本感觉不到这种变化。
天体重叠
关于“天体重叠”问题，德克萨斯大学玛雅专家大卫-斯图亚特介绍说，“没有任何玛雅古书或艺术品提到过这个问题。”阿维尼也认为，玛雅长历法将2012年冬至作为一个轮回的终点正是体现了玛雅文化的天文成就。许多人通过观测天象学会了如何精确预测日蚀以及其他天文现象，同时也掌握了农业季节轮回与某些天文现象的关系，而玛雅历法又与农业季节轮回存在着紧密联系。
未知行星撞地球
这个关于未知行星撞击地球的预言最早出现于2003年，一位妇女声称她收到了来自宇宙某行星的信息。莫里森强调，“从2003年到现在已经好几年了。如果在太阳系内确实存在这样一颗行星的话，那么天文学家肯定在过去十年中就已经开始研究它了。我们肉眼应该是可以看到了。所以说，这颗所谓的未知行星是不存在的。”
太阳风暴袭击地球
事实上，太阳耀斑是有规律可循的，其爆发周期大约为11年。剧烈的太阳耀斑可能会破坏地球上的通讯设施以及其他一些地面事物，但是科学家们从来没有说过太阳会释放出强大的太阳风暴足以烤焦整个地球，至少是短期内不会出现这种现象。莫里森解释说，“除非是太阳已明显不遵循其活跃周期。我们预计，太阳耀斑这个周期的最顶峰并不是2012年，而在之后的一两年。”
玛雅人的预言
相反，阿维尼认为玛雅人事实上并不擅长预言。他解释说，“他们对时间的认识大多是针对过去的，而不是未来。当你了解关于长历法的记载后，你就会发现里面讲的大多是玛雅统治者和他们祖先的关系。统治者把自己的渊源说得越久远，越能说明统治者地位的合法性和正统性。我认为，这就是玛雅统治者为什么使用长历法的原因。因此，长历法并不是为了预言未来，而是为了证明过去。”
