1如何防止“合而不和”
一些代表委员认为，整合交通的大部门体制不仅仅是机构合并，而是要做到统筹调配，而不仅仅是机构在一个楼里，还是各管各的。下一步，就要在真正整合上下工夫。
目前，我国社会物流成本相当于GDP的18%，比发达国家高出一倍，成为物价的重要推手之一。随着铁路并入交通部，涵盖“公、铁、水、空”的大交通体系呼之欲出，如果“空铁联运”“海铁联运”等方式能有效推广，降低综合物流成本，将为整个社会带来福利。
2如何防止“靠涨价还债”
2.6万亿元的高负债，2013年6500亿的投资预算，铁道部“很差钱”。而承担了债务主体的中国铁路总公司如何在投资建设和偿还债务之间取得平衡，备受关注。
铁道部部长盛光祖表示，改革与调价没有必然性。但专家表示，铁路具有公共性，政企分开后企业的盈利需求与公共利益应求取平衡点。
孙章认为，高负债，既有政策性、也有经营性的原因。政企分开后要把账本理清楚，公益性的要国家负担，经营性的要通过提高企业效益，来逐步消化。
值得注意的是，机构改革方案中，专门提到了建立健全运价改革和运输补贴等机制。代表委员建议，在普通客运领域应加大补贴力度，而高铁要增加定价的灵活性，“比如，春节过后客运量急降，可以考虑票价打折吸引旅客。虽然票价降了，但总收入不会少，铁路并不亏本。”
3如何防止服务质量下降
从国际经验看，英国、法国等国铁路进行分拆和私营化之后，负债率进一步上升，对国家补助的索取增加，事故率上升，服务质量和安全性反而下降。
专家表示，整合后的交通部铁路局从经营中抽身出来，专司标准制定和安全监管，避免“既当运动员、又当裁判员”，有利于从体制上保障铁路运营秩序和安全，因此，监管力度和效果会更强而非减弱。
