2012年12月27日，深圳市审计局发布了《关于深圳大运会财务收支及场馆建设项目审计结果公告》。公告显示，截至2012年9月30日，为举办大运会共投入资金139.96亿元，而大运会收入合计为12.17亿元。
2013年3月18日，广东省纪委通报：深圳市原副市长梁道行利用职务便利，索取他人财物、收受他人巨额财物为他人谋取利益，严重违纪并涉嫌犯罪。经报广东省委批准，决定给予梁道行开除党籍处分，收缴其违纪所得，并移送司法机关依法处理。
公开资料显示，2007年深圳获得大运会举办权，时任深圳市副市长的梁道行开始担任深圳大运会执委会副主席兼秘书长、执行局局长。2009年，年满60岁的梁道行请辞副市长，但继续担任2011年深圳大运会执行局局长职务。网民纷纷猜测：梁道行落马“或与大运会腐败有关”。
深圳市纪委近期还公布了另一个与大运会有关的官员的消息。2013年2月1日，深圳市纪委官方网站发布消息称，深圳市建筑工务署党组成员、副署长叶虔涉嫌严重违纪违法，被深圳市纪委立案调查。
有网友评论说：一本大运账，绊倒了众多官员。这一副多米诺骨牌，或许还未到此结束。
大运会支出，无预算无规划
“节俭办大运”曾是深圳最响亮的口号之一，但最终的结果并不那么好看：不包括穿衣戴帽等市政工程的投入，大运会仅账面支出就达140亿元。
审计报告指出，大运会62个项目违规采购，共计1100余万元;部分项目存在无预算、超预算、超范围等现象，累计金额1274.14万元。其中，个别项目未按预算执行，有的甚至直到赛后才开始启动。审计还发现，个别物资使用率较低。
在这些“无预算、超范围”的指导思路下，不少花费巨资建设的设施如今只落得“孤寂荒凉”的命运。
记者走访深圳大运会新建的多个运动场馆发现，不少场馆和健身器材处在闲置状态，无人问津。如设置在龙岗区体育中心外围的一些民众健身设施由于长期闲置，已是锈迹斑斑。
而初期规划的短视，也使得一些场馆难以实现有效的商业化运行。
